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贮液瓶的日常维护。清洁是保持流动相贮液瓶正常使用的关键，使用LCMS级的溶剂和试剂。陈旧的流动相和用久了的试剂应定期废弃，防止生长微生物和组分改变。贮液瓶内壁定期清洗，流动相滤头定期清洗或更换。
　　
液相泵的日常维护。泵的密封圈是最易磨损的部件，密封圈的损坏可能引发漏液或剧烈压力波动;单向阀的正常工作至关重要，它若发生故障，将直接影响流速的稳定性。日常维护应注意以下几点：①使用LCMS级的溶剂和试剂；②确保系统压力在正常范围；③使用完缓冲液体系后用纯水冲洗干净，防止盐沉积，系统不运行时应存储在无缓冲液的溶液或有机溶剂中；④密封圈按照各个生产厂商的建议定期更换。进样器的日常维护，样品预处理对于防止进样针和进样阀堵塞至关重要。预处理常用方法：①超滤；②溶剂萃取/去盐；③固相萃取；④灌注净化/去盐；⑤色谱分离；⑥甲醇或乙腈沉淀蛋白；⑦酸水解，酶解；⑧衍生化。色谱柱的维护和保存：①每次工作结束，用高比例强溶剂冲洗色谱柱，冲去留在柱上的强吸附组分；②净化样品，样品中的微粒会进入色谱柱，在柱头上沉积下来，造成柱压升高，柱效降低；③避免撞击色谱柱，如掉落或超声震荡；④柱压避免急剧变化；⑤反相柱C18应保存在纯有机相或50%有机相中，一周不用要卸下，两端用堵头密封，避免干枯。
　　
流动相的选择。LCMS常用的流动相为甲醇、乙腈、水和它们不同比例的混合物以及一些易挥发盐的缓冲液，如甲酸铵、乙酸铵等，还可以加入易挥发酸碱如甲酸、乙酸或氨水等调节pH值;LCMS体系要避免使用含磷或氯的缓冲液，含钠和钾的成分必须<1mmol/l。(盐分太高会抑制离子源的信号和堵塞喷雾针及污染接口)含甲酸(或乙酸)<2%，含三氟乙酸<0.5%，含三乙胺<1%，含醋酸铵<10—5 mmol/l。
　　
样品的预处理。从保护仪器角度出发，防止固体小颗粒堵塞进样管道和喷雾针，防止污染MS,降低分析背景，排除对分析结果的干扰;从ESI电离得过程分析看，电荷聚集在液滴的表面，样品和杂质在液滴表面相互竞争，不挥发物(如磷酸盐等)妨碍带电液滴挥发，大量杂质妨碍带电样品离子气化，增加电荷中和的可能。
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