高效液相色谱法的优缺点：1.优点：分离效率高，选择性好，检测灵敏度高，操作自动化，应用范围广；与气相色谱法相比具有的优点：不受试样的挥发性和热稳定性限制，应用范围广；流动相种类多，可通过流动相的优化达到高的分离效率；一般在啊室温下分析即可，不需高柱温。2. 缺点：分析成本高，液相色谱仪价格及日常维护费用贵，分析时间一般比气相长。
操作注意事项：1、色谱柱的柱效和保护柱：拿到一根新柱时，一定要先看其使用说明，然后测柱效，定期检测柱效，保留在新色谱柱上得到的色谱图，并记录条件，定期检测仪器的谱带展宽，若应用于在线监测，应对色谱柱提供在线的物理保护和化学保护，例如采取安装在线过滤器，自装填料保护柱和预装保护柱等。在线过滤器的作用是防止颗粒在柱头累计，优点是基本不影响柱效，在需要高柱效的时候常用，常更换的消耗品是滤芯和垫圈。保护柱的作用是防止柱子被化学污染，缺点是多数保护柱影响色谱柱的柱效，特别是在用微柱时，常用的是普通自装填料的保护柱。最近新出的一些保护柱例如Sentry-guard保护柱,它的特点是高质量、高效填料、增加分析柱效、对脏样品载荷能力大，能延长保护柱的寿命，手可拧紧接头，安装时不需要工具，省时省，可换芯式设计，能采用各种不同的填料，主要适用于非常脏非常复杂的样品本底，例如，生化样品，环境样品和食品等，或者不想做太多的固相萃取，不想降低柱效果等情况。2、色谱柱的清洗：对所做的样品要有充分的了解，用对该样品洗脱能力最强的流动相清洗，对于硅胶柱，先用甲醇洗去极性杂质，然后用干燥的二氯甲烷和正庚烷100-200mL 依次活化，对于键和相柱，一般用甲醇-氯仿-甲醇-水依次冲洗， 每种色谱柱有特定的清洗方法， 一定要看其使用说明。3、色谱柱的存放：存放前除去杂质和盐，采用合适的存放溶剂，避免色谱柱床的干枯，避免机械振动，防止细菌生长，注意存放的温度。
色谱柱的常见故障及排除：1、柱压过高：可能是微粒堵塞，柱床膨胀，不可逆吸附，细菌生长等造成的。也有可能是系统反压问题，例如阻尼器堵塞，进样器堵塞，管路或连接口堵塞，在线过滤器不干净，压力传感器不准确等。2、柱效低：可能是色谱柱被污染、过滤片部分堵塞、色谱柱内的死体积造成，例如，流动相pH值或者组成不合适造成固定相损失，流动相急剧变化造成固定相物理损坏，机械振动造成固定相产生裂缝，柱床收缩或干枯。也有可能是仪器连接的问题，认真检查进样器、检测器、管路、保护柱和在线过滤器等是否连接好，也可能是色谱柱没有平衡好，进样量过大等问题。3、重复性差、不出峰、回收率低：可能是色谱柱被污染，流动相PH 值或者组成不合适造成固定相损失，样品溶剂不同或样品本身不稳定，固定相极性过强或者流动相极性过弱，或者发生非特异性吸附。也可能梯度实验时平衡时间不足，温度波动，流动相组成改变，样品溶剂不同，样品稳定性不好，方法的开发不好，缓冲液的酸碱度不合适或者缓冲能力不足。
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